大部分保护区都是封闭设施，成都环保有机肥在分解过程中释放的大量二氧化碳成为光合作用的重要原料来源。而且多施有机肥可以提高冬季大棚土壤的温度，对于冬季大棚生产暖菜非常珍贵。 长期施用有机肥可以提高植物的抗逆性和抗病性，保持蔬菜生产的高产稳产。
有机肥的科学施用。 有机肥适合做基肥施用。菜地不要施未腐熟的有机肥。有机肥要深施于土壤，不要施于畦面，以免养分淋失。在翻耕菜地前，应先撒施所需的有机肥，然后翻耕1 ~ 2次，可有效保持和延长有机肥的肥力。在种植蔬菜前，将有机肥埋在种植沟或种植穴中，种植前用薄土覆盖，具有保肥和延长供肥期的良好效果。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
