肥料可分为有机肥和无机肥，即农家肥和化肥。有机肥包括动物粪便、饼肥、粪肥、堆肥、石灰和绿肥等。其特点是肥效缓而持久，养分齐全，显著增加土壤有机质，改善土壤结构。 种肥:为避免肥料灼伤种子，种肥施入深度以5-6 cm为宜，种肥与种子的水平距离(横向距离)要适宜，一般为3-5 cm。
追肥:追肥时中药材根系已初步形成。如果用机械追肥，要尽量减少伤根，施肥不要太深，边距要合适。一般情况下，适宜窄行栽培的中药材如薏苡、车前子等的追肥深度应为6-8cm，侧距为10-15cm。适宜广栽的中药材，如金银花、栀子等，宜深8-12厘米，侧10-15厘米。 基肥:基肥施用深度15-20cm或更深。可以先将肥料撒在地表，然后翻耕入土中，也可以在翻耕的同时将肥料施入犁沟中。
提高中药材产量的施肥方法： 种植中药材时，要想增产就要及时施肥。农民在施肥时，应以有机肥为主，化肥为辅，同时均衡施用氮、磷、钾等养分，帮助中药材更好地生长，尤其是在高温多雨的夏季。因为肥料分解快，容易流失，农民要减少养分流失不止一次。 面对花果入药的中药材，要注意磷钾肥的施用；面对根茎类中药材追肥，适当施用钾肥，在中药材根茎膨大期及时追肥，可促进高产优质。中药材施肥总的原则是苗期施氮肥，中后期施磷钾肥。宿根和地下茎药材，整地时施足有机肥。
