近年来有研究表明，单独施用有机肥并不完全适合各种药用植物。比如在人参、西洋参上涂抹人粪，很容易抑制须根的发育。黄芪施用有机肥的效果不如施用专用复合肥。 在施用有机肥的基础上，化肥的施用原则是:慎用化学氮肥，重视化学磷钾肥的配合，巧施中微量元素肥。比如以花、果为药用药材的中草药植物，要注意磷钾肥的施用；以根和鳞茎为药材的中草药植物，应特别注意钾肥的施用。
肥料可分为有机肥和无机肥，即农家肥和化肥。有机肥包括动物粪便、饼肥、粪肥、堆肥、石灰和绿肥等。其特点是肥效缓而持久，养分齐全，显著增加土壤有机质，改善土壤结构。 种肥:为避免肥料灼伤种子，种肥施入深度以5-6 cm为宜，种肥与种子的水平距离(横向距离)要适宜，一般为3-5 cm。
提高中药材产量的施肥方法： 种植中药材时，要想增产就要及时施肥。农民在施肥时，应以有机肥为主，化肥为辅，同时均衡施用氮、磷、钾等养分，帮助中药材更好地生长，尤其是在高温多雨的夏季。因为肥料分解快，容易流失，农民要减少养分流失不止一次。 面对花果入药的中药材，要注意磷钾肥的施用；面对根茎类中药材追肥，适当施用钾肥，在中药材根茎膨大期及时追肥，可促进高产优质。中药材施肥总的原则是苗期施氮肥，中后期施磷钾肥。宿根和地下茎药材，整地时施足有机肥。
