生物有机肥料本身矿质营养元素含量较低，纯粹的生物有机肥氮、磷、钾总量通常不超过10%,有些农民朋友不了解这一点往往只施这一种肥料，结果使生长季中后期发生脱肥现象。微生物的生长繁殖需要消耗有机物质已提供所需的能量和营养，所以在施用生物有机肥料的同时，应增加有机肥、农家肥的施用量，最好把生物有机肥料与有机肥混合后做基肥施用。生物有机肥料在存放过程中，菌体处于休眠状态，当施入土壤后，如温度、湿度、营养等环境条件适宜，微生物便开始大量生长繁殖。但如果与化肥、石灰、杀菌剂一起施用会杀死解除休眠状态的菌体，达不到原本施肥的目的。
用过有机肥，土壤会变得疏松、肥沃，提高土壤质量，促进土壤微生物繁殖，这些有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成，有机肥中的有益微生物还能抑制有害病菌的繁殖，这样就可以做到少打药，如果连续多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工、省钱、无污染，同时，有机肥料中有动物消化道分泌的各种活性酶，以及微生物产生的各种酶，这些物质施到土壤后，可大大提高土壤的酶活性。
有机肥另外还包括饼肥(菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等)；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等，土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加了土壤的供肥能力。
