洁净手术室的选址一方面关系到与相关科室的合作是否便利、方便，另一方面，由于手术室的设备层会发生设备噪音、进排风噪音、及设备运行轰动等，其选址还要考虑对周围的环境影响，甚至要考虑其相关相邻的科室发生的设备噪音、气体排放等对周围环境的影响。其他如水、电、气、汽管路长短，手术室设备运输及后期修理（更新）等。这些因素都需要在前期选址规划时充分考虑。 洁净手术室一般设在病房楼，门诊手术室设在门诊楼，急诊手术室设在急诊科。洁净手术室选址或在病房楼5层以下，或处在病房楼中间层，或设在病房楼顶层。不同的选址各有利弊。
手术室净化系统通过净化空调机组过滤手术室内空气中含有的尘土颗粒，阻止空气中含有10微米以上，减少0.5微米以上的尘土颗粒进入手术室，影响和破坏净化空气，从而达到手术室内空气相对清洁的作用。 一、 关于手术间内净化空气与细菌菌落的联系 细菌是通过附着物才干生计下来的，而空气当中所包括的尘土颗粒其实便是空气中细菌滋生的附着物。所以在通过净化后的洁净手术室内可以有用的遏止细菌滋生。洁净区通过净化的空气内适合细菌生计的大颗粒尘土已被过滤掉，属于不利于细菌生计的环境，所以洁净手术间内也就不用再故意的进行物理消毒。只需在手术前30分钟启动手术室净化空调机组，对空气进行自净，就可以保证手术间内空气达到相应级别的净化程度。但对于污染手术术后手术床表面及有污物低落的地上，还是建议用消毒水进行处理。这样更能保证手术的安全性。
关于净化空调的保护与保养 另外，净化空调体系的日常保护和保养也是十分要害的，这将直接影响到空调的正常运用，也就直接关系到洁净区的净化级别与温度、湿度是否合格。在手术间内空调温度与湿度不能控制在适合范围内时，应及时告诉维保人员，对空调体系进行检查，找出问题及时处理，以保证手术室净化的正常运转。
