有机肥也是作为底肥被广泛应用，大量长期连续使用氮肥会造成土壤退化，主要表现在土壤酸化、钙镁淋溶量加大，土壤结构破坏，土壤中养分含量不平衡以及对生态环境的污染等方面，而施用有机肥可以减缓上述过程，菜地施用了没腐熟的有机肥，腐熟中的有机肥会产生大量的有机酸、氨气、硫化物和二氧化碳等，达到一定量时会致蔬菜枝、叶、花、果等中毒，引起落叶、落花、落果和枝茎萎凋等，严重的根系会因烧根而腐烂，引起植株凋萎或枯死。
科学施用有机肥，有机肥zui适合作基肥施用，没经腐熟的有机肥，不要施于蔬菜地中，有机肥宜深施于土壤中，不要施于畦面，以免养分淋溶流失等，菜地翻耙前，先撒施所需的有机肥，后再翻耙1～2次，可高效保持和延长有机肥的肥力，蔬菜定植前，将有机肥埋施于定植沟或穴，用薄土盖肥后再定植，有好的保肥和延长供肥期等作用，猪牛粪等密闭发酵时，前期堆内zui可达60～70℃,加上密闭发酵造成的缺氧和产生的大量有毒气体等，肥中绝大部分病原微生物和害虫、虫卵、杂草种籽等会被杀死。
已发生肥害的蔬菜，受害较轻的，通过采用以上方法，多可得到解救，肥害发生重的蔬菜，是不可逆的，不要解救，要全部拨除，过些天改种其它蔬菜，有机肥区别于化肥，有机肥的原材料主要来源于大自然，可谓是“取之于自然，用之于自然”，营养丰富；而化肥是通过化学制剂合成，可谓“无中生有”，养分单一，什么是有机肥，广义上讲：俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物为原材料组成，如人畜、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。
