微生物肥料具有“四两拨千斤”的独特功能，既能活化土壤，提升肥效，又能保障农产品质量安全，是农业可持续发展不可缺失的投入品。同样，微生物肥料功能多样，能够充当分解者(秸秆分解、土壤有毒有害物质降解)、转化者(磷、钾、钙、镁等养分的有效形态转化)、生产者(生物固氮、产生各种促生物质)等。 据数据显示，与传统肥料相比，生物肥料通过调控土壤微生物区系能够让作物增产20%，可减少20%的化肥与农药。
有机肥料含有植物所需要的许多营养成分、微量元素、糖类和脂肪。有机肥分化开释的CO2可作为物光合效果的材料。有机肥还含有氮、磷、钾5%三要素，有机质45%，可为农作物供给的营养。不得不提的是有机肥在土壤中分化，能够转化形成各种的腐殖酸是一种高分子物质，具有很好的络合吸附功能，对重金属离子有很好的络合吸附效果，能有效地减少重金属离子对作物的毒害，并阻挠其进入植株中，并且维护植腐殖酸物质物的根茎。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
