穿梭式货架相比于贯通式货架。它可以视作为贯通货架的升级版。穿梭式货架优点是存储效率更高、更安全、更稳定、空间利用率更高。这里具体说一下。穿梭式货架由一定数量的货架组成且借助穿梭车将货物运输完成出入库工作。两三千货位使用一台穿梭车。它们同时都运用叉车，但穿梭式货架仅仅用叉车把货放在穿梭货架的一头即可，随后过程交给穿梭台车；而贯通式货架则需求叉车进入货架的内部进行上货与取货的操作。这么削减或避免了对货架的可能的危害。
贯通式货架和穿梭式货架都属于密集型的仓储货架，有效提高库房存储空间。这两种货架都需要借助叉车来进行存储作业。穿梭式货架需要利用叉车将货物放置在货架的一端，然后再由穿梭小车将货物放到指定的位置上。贯通式货架的存储方式和穿梭式货架不同，因为其没有设计叉车通道，所以存储货物时，需要叉车到货架内部存储货物，通常会在叉车通道中设置安装叉车导轨。 穿梭车货架具备自动化的功能，但是贯通式货架没有；贯通式货架造价成本相比较穿梭式货架要低；贯通式货架主要和叉车配合使用，而穿梭式货架通常和其他自动设备一起搭配使用。
子母穿梭车货架是分子穿梭车和母穿梭车两种，货物由母穿梭车运送到各个子穿梭车上，子穿梭车再把货物自动输送到相应的货位上，取货则相反。 从结构及货物存取方式看，子母穿梭车重型货架的优势是非常明显的，可以实现货物全自动化存取，提高了仓库作业效率。因为是穿梭车运送货物，中间无需预留叉车通道，实现货物密集型存储。这是子母穿梭车货架的两大优势，适用于多量少样的食品、饮品、化工、烟草等单品种批量大，品项相对单一的行业。