实验室净化主要检测区域的压力梯度和气流方向为:试剂制备区、标本制备室、扩增区、产物分析区和测序室。压力梯度不能混乱，气流方向不能停滞或向后。同时，每个区域的缓冲室侧与主测试区域之间的压力差为+5Pa，以防止污染空气从测试区域流向非污染区域。另外，PCR实验室要充分通风，但同时也要考虑夏季和冬季的室内温度过程要求和舒适度要求。
但是为了安全起见，净化空调的风量需要很小，风量估计很大，一般都会超过规范。当要求不是很严格时，可以估计温度和冷负荷。现在有专门的净化空调机组，可以直接使用。二级生物安全实验室应实行二级隔离。一般实验室设备包括:洁净工作台、生物安全柜、边桌或不锈钢操作台、洗涤台等。洁净实验室装修的建筑布局与净化空调系统密切相关。净化空调系统既要服从整体建筑布局，又要符合净化空调系统的原理，以充分发挥相关功能。洁净空调的设计者不仅要了解建筑布局来考虑系统布局，还要对建筑布局提出要求，使其符合洁净实验室的原则。
洁净实验室装修常用材料选择要求:实验室的天花板采用防尘、光滑、阻燃的彩钢板，两面用槽铝密封，彩钢板用中性中国白玻璃胶密封。实验室净化区域专用PVC地板胶铺地，防火等级Bl，耐酸、耐碱、耐腐蚀、耐磨性能符合国家标准实验室要求；实验室墙壁采用防尘、光滑、防火的彩钢板，钢板夹层。地槽采用50X30槽铝，地槽用钢钉和木块固定。与地面和墙面、墙面和墙面、墙面和顶棚的过渡采用半径为50mm的铝合金圆弧处理；彩钢板与彩钢板之间用中性中国白玻璃胶密封，防止裂缝滋生细菌。
