为了防止室外污染源进入洁净区，使室内压力高于洁净区外的压力，洁净区内的压力成为正压洁净区；相反，为了防止洁净区内的污染源向实验室外部扩散，使内部压力低于外部压力，这种实验室就成为负压洁净区。所以洁净室的正负压力是相对的，主要取决于各个实验室的相对压力。PCR实验室净化有严格的压力梯度，所以有严格的气流方向。相邻实验区之间的压力差为5Pa，实验区与缓冲区之间的压力差为5Pa。
实验室净化主要检测区域的压力梯度和气流方向为:试剂制备区、标本制备室、扩增区、产物分析区和测序室。压力梯度不能混乱，气流方向不能停滞或向后。同时，每个区域的缓冲室侧与主测试区域之间的压力差为+5Pa，以防止污染空气从测试区域流向非污染区域。另外，PCR实验室要充分通风，但同时也要考虑夏季和冬季的室内温度过程要求和舒适度要求。
洁净实验室装修常用材料选择要求:实验室的天花板采用防尘、光滑、阻燃的彩钢板，两面用槽铝密封，彩钢板用中性中国白玻璃胶密封。实验室净化区域专用PVC地板胶铺地，防火等级Bl，耐酸、耐碱、耐腐蚀、耐磨性能符合国家标准实验室要求；实验室墙壁采用防尘、光滑、防火的彩钢板，钢板夹层。地槽采用50X30槽铝，地槽用钢钉和木块固定。与地面和墙面、墙面和墙面、墙面和顶棚的过渡采用半径为50mm的铝合金圆弧处理；彩钢板与彩钢板之间用中性中国白玻璃胶密封，防止裂缝滋生细菌。
